卵巢巧克力囊腫是具有活性的子宮內膜細胞種植在卵巢，可能會導致CA12-5輕度增高，但并不是所有卵巢巧克力囊腫的病人，都會有CA12-5升高。所以CA12-5升高，不是診斷卵巢巧克力囊腫的唯一標準。當每個月女性來月經，此時子宮內膜脫落引起出血，種植在卵巢局部的子宮內膜碎片會出血。隨著時間推移，可在局部形成囊腫。此類囊腫切開后，其內容物類似巧克力醬，因此稱為卵巢巧克力囊腫。當病人有卵巢巧克力囊腫時，做CA12-5化驗檢查通常會出現輕度升高，但不是明顯升高。所以懷疑有卵巢巧克力囊腫的病人，可抽血做該項檢查。此外，在臨床上卵巢巧克力囊腫的診斷需結合病史、臨床癥狀、B超檢查，進行綜合性分析才可得出初步診斷。若卵巢巧克力囊腫＜4公分可動態觀察、口服藥物；而卵巢巧克力囊腫＞4公分，可考慮手術治療。