卵巢巧克力囊腫可以很嚴重，也可以相對較輕。卵巢巧克力囊腫實際為子宮內膜異位囊腫，可分期為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期，嚴重時可以伴有盆腔的子宮內膜異位癥，粘連非常嚴重，甚至反復復發。但如果較輕，可能只有單側巧克力囊腫，形成時間不長，周圍粘連不重，只需簡單的剝除手術即可解決。卵巢巧克力囊腫屬于一種異常疾病，可以影響妊娠、懷孕，也容易復發，因此建議手術治療。因為相對比較容易惡變，據統計卵巢巧克力囊腫患者得卵巢癌的幾率為正常人的9倍，屬于一種比較麻煩的疾病，需要手術治療，需要進一步觀察甚至用藥。雖然該疾病有嚴重也有相對較輕的，但整體上都需進一步處理。