卵巢巧克力囊腫是一種良性疾病，其并不嚴重，但具有惡性生物學行為，即容易復發，除了生長在卵巢以外，還可以累及韌帶、直腸窩，形成小種植結節，引起身體不適甚至惡變，所以應該積極治療。卵巢巧克力囊腫主要造成的問題是疼痛、不孕，經過積極的治療能夠有效緩解疼痛，可以保證正常學習和工作。 對于巧克力囊腫引起的不孕，早期時積極治療，患者可以懷孕，但如果不進行積極治療，年紀超過40歲以后再進行治療，生育希望很小。卵巢巧克力囊腫如果不進行積極的治療，囊腫會逐漸長大，痛經會逐漸嚴重，甚至囊腫長大到一定程度產生破裂，尤其在經前期后破裂，會導致劇烈腹痛，要進行急診手術，急診手術不如擇期手術準備充分。若長期沒有任何干預，任其隨意生長，有1%以上的惡變概率。