棘阿米巴角膜炎是一種非常頑固的角膜炎，治療周期比較長，用藥的強度也比較久，所以棘阿米巴角膜炎發生以后，一定要及時積極的治療，可以考慮點用0.02%氯己定，或者0.02%聚己亞甲基酸鹽，再聯合0.1%羥乙磺酸丙氧苯脒眼藥水。開始時點的次數一定要勤一點，不管白天還是晚上，每隔1小時就點1次。連續點用2天到3天以后，開始加用第三類的藥物聯用，比如0.5%新霉素眼藥水，三藥連續應用。點用4-7天后，白天每2小時點1次，夜間可以減為每4小時點1次。