頭部核磁檢查不需要全身進入，頭部核磁檢查進入掃描的圓形機器中主要是頭部。做核磁檢查時，躺著把頭部定位好，機器會緩慢向掃描的Scan機器推進，到達圖像采集時，可能需要移動患者，逐層地對腦部進行掃描。進入掃描儀里的主要是頭部，可能還有頸部、上半身軀干，所以不是全身進入，下半身在整個掃描過程中不進入磁場檢查。進行核磁檢查的磁場非常強，患者進入核磁檢查時，要求全身不要攜帶鐵質等金屬，因為在很強的磁場下，這些物質會對檢查造成干擾。就具體掃描的情況來說，進入掃描的部分更多是頭部，還有頸部以及上半身。