非典型性肺炎和常見呼吸道疾病的預防相似。首先保持良好心態，不要懼怕疾病。在疾病流行期間，避免人群多地方，如果無可避免，比如幼兒園里患病的孩子增多，盡量減少孩子去幼兒園的次數。注意經常勤洗手，保持手的清潔，經常多吃新鮮的瓜果蔬菜，增加維生素的攝入量。注意適當體育鍛煉，增強體質，達到預防疾病目的。非典型性肺炎常見的病原體是支原體、衣原體和軍團菌。預防支原體感染，在支原體流行季節注意勤洗手、開窗通風、戴口罩。衣原體是動物傳播，比如鸚鵡熱衣原體、家庭飼養寵物時要注意寵物清潔。軍團菌見于水源性感染，比如注意空調設施的清潔和保養，預防相關疾病。