對于兒童和青壯年，非典型性肺炎的治療首選藥物是大環內酯類藥物，大環內酯類的藥物包括阿奇霉素、紅霉素、羅紅霉素。非典型性肺炎病程比較長，大概是2周，甚至可以遷延到3周，所以服藥時間較長。指南上推薦阿奇霉素相關的治療方案是服3停4，服3天，停4天，連服3周的方案應用于兒童。 2015年社區獲得性肺炎南中指出，經過流行病學調查，非典型性肺炎比如支原體感染，大環內酯類的藥物耐藥率增高。支原體感染的肺炎，成年人選擇喹諾酮類藥物，比如沙星類，左氧氟沙星、莫西沙星藥物治療，或用四環素類的藥物，比如是米諾環素、多西環素治療。這兩個藥物均不適用于兒童，四環素類的藥物導致兒童牙齒發育異常和骨骼發育異常，喹諾酮類藥物引起兒童骨骼和肌肉發育異常。綜上所述，經正規醫院，在醫師指導下服用相關的藥物，不要隨便吃藥。