患者出現細菌性扁桃體炎，可選擇對鏈球菌、革蘭氏陽性菌較敏感的藥物，包括青霉素類如阿莫西林，以及頭孢類藥物。如果患者出現上呼吸道感染，合并有急性扁桃體炎，可用青霉素類、頭孢類藥物控制癥狀。如果患者對青霉素過敏，建議進行頭孢皮試，如果頭孢皮試陰性，可口服或者靜脈點滴治療。如果患者對頭孢也過敏，則可口服克拉霉素或者阿奇霉素進行治療。如果患者癥狀比較重，可靜脈點滴林可霉素進行治療，也可較好地控制細菌性扁桃體炎的癥狀。患者除抗生素治療外，也可進行霧化吸入治療，將藥物噴灑在咽喉部黏膜，起到局部抗炎消腫、止疼效果。