病毒性扁桃體炎和細菌性扁桃體炎在早期時癥狀相似，以咽痛為主，伴隨全身癥狀。隨病程進展，二者會有所區別，具體如下：1、細菌性扁桃體炎：在病程逐步加重時會形成膿性分泌物，附著于扁桃體表面，即急性化膿性扁桃體炎。血常規檢查時，細菌性扁桃體炎表現為白細胞、中性粒細胞增多；2、病毒性扁桃體炎：少見分泌物附著，以黏膜充血為主，部分單純皰疹病毒感染的患者咽后壁、軟腭、硬腭的黏膜會出現水皰樣新生物，多發、點狀，破潰以后可能形成潰瘍，而且病毒性扁桃體炎伴有高燒。血常規檢查時，病毒性扁桃體炎表現是淋巴細胞增高。特殊的病毒性扁桃體炎，如EB病毒感染或皰疹病毒等，會出現單核細胞增多、分類的變化。因此在病毒性扁桃體炎和細菌性扁桃體炎臨床上早期癥狀不好鑒別時，可以做其他輔助檢查，如血常規等進行明確。