進行肛瘺手術需要灌腸，具體灌腸方式與就診科室有關，就診于中醫肛腸科時，患者病情可能較輕，因此術前一般需要清潔灌腸。若為高危復雜性瘺管手術，創面較大、界限較高，則需要應用藥物或結合清潔灌腸進行術前準備。 如果存在腸瘺，腸道準備需要更加充分，患者需要口服抗生素并結合甲硝唑等藥物外用，進行腸道準備。此外，應用甘油灌腸劑將糞便充分清除對手術以后的創面感染的預防，以及創面愈合存在益處。