肛瘺手術的復雜程度取決于瘺管位置、瘺管的復雜程度。具體如下：1、高位復雜性肛瘺：手術創傷和復雜程度較大。許多肛瘺存在二次手術，甚至三次手術的問題，不確定的因素很多，此種屬于大手術；2、低位單純性肛瘺：但是大多數肛瘺是低位單純性肛瘺，手術的創傷不會特別大，有些人采用比較新的微創技術，創傷可能更小，此種屬于小手術。對于低位單純性肛瘺的手術不能稱為大手術，而對于高位復雜性肛瘺，手術難度相當高，需要具有一定年資的醫生才能完成此種類型的手術。