肛瘺患者必須進行手術治療，肛瘺是感染性疾病，肛腺感染發展到肛門周邊，最后可能與外側的肛門皮膚相通形成纖維化竇道。如果不進行手術，炎癥無法治愈、感染原無法去除，肛瘺會反復發作，而每次發作都有可能使膿腫感染范圍增加。 此外，如果不進行手術，則可能使簡單性單純肛瘺最后演變為非常高位的、復雜的肛瘺。高位的復雜肛瘺至今為止一直是整個外科系統的難題，處理非常困難。因此盡量不應等到其發展到高位、復雜后再去治療，肛瘺一旦發現必須進行手術治療。