慢性再生障礙性貧血的首先采用支持治療。因為白細胞低容易感染所以要預防，血小板低容易出血，要避免出血，防止外傷以及劇烈活動，不吃粗硬食物。血小板低于20×10^9/L者，要臥床休息，不要服用對骨髓有抑制作用的藥物，服用影響血小板功能的藥物，不要有心理壓力。血紅蛋白低于60g/L時應該輸紅細胞，但勿過度輸血，以免因為長期輸血導致患者鐵負荷過重，要控制出血，可以用止血敏、氨基己酸。應該注意的是，如果有血尿的患者絕對禁用氨基己酸。因為出血主要是因為血小板減低所引起，控制出血最主要的是輸血小板。 白細胞低可用粒細胞集落刺激因子皮下注射升白細胞，但再障患者骨髓對粒細胞集落刺激因子反應差，升白細胞效果并不好。針對發病機制治療最主要的是免疫抑制治療，包括抗淋巴胸腺細胞球蛋白、環孢素，用環孢素應該注意監測患者的血藥濃度、肝腎功能等，應該在醫生的指導下服藥。另外還可以用環磷酰胺，但比較少用。還要使用促進造血的治療，包括雄激素，比如康力龍、十一酸睪丸酮等。還要使用造血生長因子，有重組人粒細胞集落刺激因子、重組人紅細胞生成素，還可以進行造血干細胞的移植。對于40歲以下沒有感染以及其它的并發癥，有合適供體的再障患者可以考慮造血干細胞移植。