慢性再生障礙性貧血與急性重型再生障礙性貧血的治療有所區別，主要是免疫抑制劑治療，使用環孢素。還有是刺激造血功能治療，比如雄激素一類。 如果發生貧血，可以考慮輸血支持治療，但是如果輸血次數過多會引發鐵蛋白增多，要考慮去鐵治療。如果慢性再生障礙性貧血達到重型再生障礙性貧血診斷標準，可以考慮做移植治療，或者環孢素加ATG，也就是抗人胸腺球蛋白治療。