在臨床上患者出現腦膿腫后有希望根治，特別是引起膿腫的原發灶得到有效控制的情況下，通過神經外科手術切除腦膿腫或進行膿腫穿刺抽吸的方式，都能使患者腦部較大的膿腫得到較有效的緩解和控制。但是患者手術治療后仍然需要進行規范、較長時間的抗炎治療，有助于患者膿腫的根治。部分存在原發基礎疾患的患者需要注意積極進行原發疾病的防治，如潰瘍性結腸炎的患者由于腸道黏膜屏障的破壞，細菌容易進入血液引起腦膿腫。此外，支氣管擴張的患者肺部屏障受到破壞，細菌也容易入血引起腦膿腫。而亞急性感染性心內膜炎的患者在心臟瓣膜上存在長期滯留的細菌性栓子，隨著血流沖擊可以進入到顱內形成腦膿腫。另外，患者中耳炎、鼻竇炎膿性感染后，可以進入顱內形成膿腫，如果患者僅將腦部的膿腫進行根治，而原發灶沒有解決，腦膿腫容易復發。因此，若想根治腦膿腫，不僅需要處理腦囊腫本身病變，而且需要注意處理引起腦膿腫的原發灶，才能更好地根治腦膿腫。