膝蓋腘窩囊腫的治療如下：1、保守治療：患者平時應適當減少活動，腘窩囊腫腫大時服用消炎藥，如芬必得、扶他林，可改善癥狀；2、手術治療：如果腘窩囊腫比較大，影響患者生活，或心理感覺不佳，可以做手術切除。可以通過前側進入關節鏡到達后側，切除腘窩囊腫。另一種是切開手術，從腘窩后側皮膚做切口，直接把囊腫切除。膝關節后側叫做腘窩，如果此部位關節囊出現薄弱區，加上炎癥、滲水、積液，可以把薄弱關節囊向后推壓，形成關節液囊液的聚集區，是腘窩囊腫。腘窩囊腫形成后，如果比較小，患者可無癥狀，不需要做特殊處理。如果比較大，膝關節后側可摸到腫包，通常不會有太多疼痛，但是下蹲會有障礙。