對于腘窩囊腫最好的治療方法為手術切除，若因為特殊情況患者無法進行手術治療，則可以采取保守治療方法。腘窩囊腫主要是由于腘窩部滑膜囊因為各種刺激，異常分泌滑液使自身發生膨大。 對于腘窩囊腫治療可以采取保守治療方法，例如可以通過穿刺方法抽出腘窩囊腫內積液，囊腫體積變小后對關節影響明顯減輕，此類保守治療通常可以反復多次進行。但隨時間延長，腘窩囊腫囊壁會不斷增厚，增厚到一定程度以后穿刺作用越來越小，此時需要進行手術切除，將囊壁連同囊液進行切除，屬于根治方法。