正常情況下月經受卵巢分泌的雌、孕激素調控，卵巢分泌雌、孕激素的前提是在卵巢功能正常情況下存在周期性排卵。所以造成雌、孕激素周期性分泌后會出現正常月經。出現巧克力囊腫以后，如果囊腫小＜5cm，沒有影響卵巢功能，一般不會出現月經紊亂。 如果巧克力囊腫較大，侵犯正常卵巢組織，影響卵巢功能，則會出現異常子宮出血。患者的月經量多或月經量少，周期可長可短，相當于無排卵性功血的表現。如果出現這種情況，首先應該解決巧克力囊腫，可以進行手術，包括腹腔鏡手術與開腹手術行囊腫剝除。在手術基礎預防復發。 如果存在生育功能則可以短期內進行人工周期，盡量促進卵泡排出，盡快受孕。如果沒有生育要求，為預防巧克力囊腫復發，需口服藥物或肌肉注射。此外，宮腔內放曼月樂環，使宮腔持續釋放孕激素，避免月經來潮，同樣也可用于治療。因此如果患者出現異常陰道出血，應該及時就醫，及時治療。