患者進行左心耳封堵術后，半年內需要服用抗凝藥物，但半年后是否需要服用應根據左心耳封堵術是否完好而定，即進行左心耳封堵術后是否完全實現內皮化即被心臟內皮覆蓋。若封堵位置良好，無殘余瘺且內皮化較為完全時，可停止服用抗凝藥物，因左心耳封堵術主要目的為代替目前所用口服抗凝劑。因口服抗凝劑需常服藥，患者較為不便，而左心耳封堵術可一次性解決問題，半年后若封堵較為完全可停藥。但左心耳封堵術是否能夠取代藥物治療，目前較多試驗正在進行仍沒有完全定論，但逐漸增多的證據支持左心耳預防卒中方面效果。臨床部分患者選擇進行左心耳封堵手術，主要因禁忌服用抗凝藥，如腎功不全、肝臟疾病、消化道疾病患者，以及不便口服藥物如自我管理能力、認知能力不佳老年患者，有時可能會同時進行左心耳封堵術與射頻消融手術，以便緩解病情。