霉菌性腸炎的大便為豆腐渣樣，大便松軟、色黃、泡沫多，上面有塊狀白色物質，類似豆腐渣。臨床上也可見到不典型的霉菌性腸炎，可能呈稀糊便。診斷霉菌性腸炎，不僅要根據眼睛觀察，還要通過大便化驗，檢測大便里有沒有霉菌孢子體和菌絲，或者通過大便培養進行檢查。 霉菌性腸炎發生率較低，而且原發霉菌腸炎少見。多數霉菌性腸炎發生于兩類患者，一類是有免疫缺陷的患者，另一類是需要長期應用抗生素或者免疫抑制劑的患者。