腸結核好發于回腸末端以及盲腸。由于食物進入到腸道中，在回腸末端停留的時間最長，所以如果有腸結核感染，那么腸結核的細菌在此處停留的時間最長，所以也是腸結核最容易發病的地方。但其實腸結核不僅累及于回腸末端，在不典型的部位，比如食道、小腸以及結腸的其他部位，都可能出現腸結核的表現。腸結核的內鏡表現為，潰瘍往往呈環形分布，而且潰瘍之間有可能可以看見正常的黏膜，往往會累及回盲瓣，導致回盲瓣變形，甚至可以成為魚嘴樣開口，不容易閉合。診斷腸結核，主要通過內鏡下的表現，以及抽血化驗，比如結核抗體陽性，以及TB-SPOT陽性，都提示結核桿菌感染。在這種情況下，如果不能鑒別是腸結核，還是其他疾病，比如克羅恩病引起的腸道潰瘍，此時運用試驗性的抗癆治療，也是一種診斷方式。因為如果是腸結核，給予積極的抗癆治療，往往2-3個月潰瘍就能明顯好轉。