腸結核最好發的部位在右下腹，右下腹主要是回腸末端、盲腸和回盲部，食物和大便殘渣，以及腸道內容物，都是到了回腸末端回盲部交界的位置，在這個位置開始出現潴留。這個位置是食物、內容物呆的時間最久的一個地方，結核桿菌、細菌也會在這里出現持久滯留，因此會反復刺激，引起淋巴組織增生、繁殖，引起病變，導致腸結核病灶的發生。此外，腸結核其實也可以累及其他的部位，只是右下腹最為常見。也可以有腸外結核的表現，很多腸結核的病人，有時候會合并肺結核的表現，針對腸結核如果確定不了，可以用試驗性的抗癆治療。因為腸道里面的結核位置，不僅是腸結核的好發部位，這個地方的病灶還有可能是腸結核，也有可能是腫瘤、克羅恩病、潰瘍性結腸炎、淋巴瘤。如果活檢無法確定，又高度懷疑腸結核，可以用試驗性抗癆治療，觀察治療效果。