寶寶凌晨咳嗽劇烈，主要有以下幾種原因：1、呼吸道感染：短期急性的凌晨咳嗽劇烈，常見呼吸道感染導致，可能是上呼吸道、下呼吸道，細菌、病毒或者支原體感染；2、咳嗽變異哮喘：凌晨長期咳嗽長期，可能是咳嗽變異哮喘，表現為肺里聽不到哮鳴音，凌晨咳嗽比較劇烈，主要是由于凌晨交感神經興奮性減低，支氣管痙攣導致咳嗽；3、鼻后滴流綜合征：又叫上氣道咳嗽綜合征，寶寶躺下以后，鼻涕倒流到咽部，劇烈咳嗽才能把鼻涕咳出來，處理方式，以治療鼻炎為主；4、胃食管反流：寶寶睡覺時躺下以后，胃內的食物反流到咽部，甚至吸入到氣管里頭，會引起劇烈咳嗽，此類原因比較少見。具體原因，應到醫院找專業醫生進行判斷。