凌晨3點清醒的常見原因如下：1、生理現象：50-60歲的老年人，由于生理激素水平下降，無法維持長時間睡眠，導致后半夜容易醒。醒后通過看書、看報，仍可繼續睡眠，屬于生理現象；2、前列腺增生：老年男性患者出現前列腺增生，導致半夜需要起夜上廁所，引發后半夜清醒。此時需要就診于泌尿科，通過前列腺B超檢查，明確是否有前列腺增生；3、鼾癥：即睡眠呼吸暫停綜合征，患者可能期間清醒數次；4、情緒因素：部分患者凌晨3點清醒后，無法入睡，出現煩躁情緒，且平時伴精神情緒低落、消極、沮喪，需要考慮存在焦慮疾抑郁障礙。