凌晨咳嗽通常是咳嗽變異性哮喘的表現，咳嗽變異性哮喘最主要的臨床特征就是在夜間，或凌晨發生咳嗽，夜間或凌晨咳嗽是指向咳嗽變異性哮喘非常有利的證據。咳嗽變異性哮喘是特殊類型哮喘，是慢性氣道炎癥，以嗜酸粒細胞浸潤為主。需要通過抗過敏治療能緩解，需要吸入糖皮質激素的抗炎藥物進行治療，這種抗炎并不是抗感染性的炎癥除了咳嗽變異性哮喘外，也有其它病會導致凌晨咳嗽，如心功能不全。心功能不全可以出現夜間咳嗽、呼吸困難，還可以出現粉紅色泡沫痰癥狀，在疾病輕時也可以只出現咳嗽癥狀。除了這些外，咽炎、胃食管反流也可以出現。