存在門靜脈血栓的患者可以存活較長時間。門靜脈血栓會引起門靜脈的高壓，門靜脈高壓較為嚴重的并發癥是食管以及胃底的靜脈曲張。若在進食較硬食物時將曲張的血管扎破，則會出現消化道大出血而導致失血性休克，從而可以引起死亡。一旦出現上消化道大出血，患者需及時前往消化科緊急進行救治。如果門靜脈高壓發生的時間過長，還會引起肝臟的病變。部分門靜脈血栓的患者合并肝硬化，而肝硬化引起的肝功能異常嚴重時也可以危及生命。但上述并發癥的發生均屬于由量變到質變的過程，如果發現門靜脈血栓，進行及時的處理即可避免嚴重并發癥的發生。