腎萎縮是腎積水最為嚴重的并發癥，此時要根據腎萎縮后殘存的腎功能來決定進一步的治療策略。一般要進行利尿腎圖檢查，可以明確腎萎縮這側的腎臟的功能殘余情況。1、輕、中度腎功能損失：如果只是輕到中度的腎功能損失，可以努力挽救腎萎縮這側的腎臟，進行內引流手術。即通過輸尿管鏡或膀胱鏡，在萎縮的腎這側，放置輸尿管支架管，觀察一段時間，解除梗阻后，腎臟的功能是否有所恢復。如果有恢復，可以通過定期換管或者采用解除腎積水梗阻的手術進行治療，因為腎臟還有挽留價值，如果內引流手術不成功，推薦進行同側經皮腎穿刺引流。此種穿刺一般是在B超引導下進行，選擇患側腎臟，在合適的體表投影處，穿入細針，再放置引流管，也可以將積水腎臟內積存的水、尿液或者可能的膿液排出，再觀察腎臟功能變化；2、重度腎功能損失：如果腎圖檢測腎臟已重度功能損傷，功能非常差，在影像學上可見腎臟已萎縮，只剩一層皮囊。此時一般建議患者進行患側萎縮腎臟的切除術。因為如果保留已無任何功能，反而容易誘發高血壓、繼發感染等不良并發癥。所以重度腎萎縮，功能已喪失時，建議進行腎臟切除手術。