肛瘺不及時治療大概有以下幾個危害：1、癥狀不能消失：主要癥狀可能是肛門周圍外口有分泌物，局部不舒服，內褲經常會有分泌物粘著，很容易臟；2、局部疼痛：發炎的時候或者感染的時候局部會有疼痛感；3、瘺管會增加：瘺管時間長，可能會出現由單一瘺管向分支瘺管和多個瘺管的發展、遷延，就像樹根一樣，小樹在小的時候樹根可能很單一。隨著時間的進展，樹根會增加，1個樹根長成幾個樹根，瘺管可能也是這樣，時間長了之后，1個瘺管可能會變成2個或3個瘺管；4、有惡變的風險：如果時間更長，少部分人會有惡變。由于反復的炎癥刺激，會形成癌癥的表現，就是皮膚、肛周有鱗癌或者腺癌的表現。雖然發病率很低，但是還是有發病，以前認為肛瘺不會惡變，但是近來的研究表明，個別少數的肛瘺有癌變的風險。