肛瘺的治療方法有藥物治療和手術治療兩種，藥物治療只能暫時的緩解癥狀，最后還是需要通過手術治療來得到根治的效果，手術的原則是將瘺管徹底的切除或者是切開，形成敞開的創面促進愈合。主要的手術方式有： 1、瘺管切除術：一般用于低位肛瘺，術后的效果比較好，極少會復發； 2、掛線治療：一般適用于距離肛門3-5cm甚至更遠的，有內口和外口的低位或者是高位的單純性肛瘺，或者作為復雜性肛瘺的切開、切除的輔助性治療使用。它最大的優點是不會造成嚴重的肛門失禁，同時具有操作簡單、出血少、換藥痛苦小的優點。還有部分復雜性肛瘺的手術治療，相對比較復雜，要在治療前充分慎重的評估手術后的肛門功能，以及復發幾率，減少術后肛門失禁的可能性。肛瘺一般極少自愈，不治療可以反復發作，直腸、肛管周圍的膿腫甚至會癌變。所以一旦診斷為肛瘺就要及時就醫，積極治療，避免延誤病情。