肛瘺為感染性的瘺管管道，一旦形成即不能自愈。多數患者都抱有保守治療的想法，但是肛瘺目前只有手術，唯一的治療途徑。因為肛瘺形成以后，不斷有糞便、腸道分泌物等污染物進入瘺管內，反復的刺激引起瘺管纖維化增生，使用藥物只能控制炎癥，但是不能起到清除瘺管、根除肛瘺的目的。只有通過手術的辦法去除瘺管，處理感染灶才是目前治療肛瘺唯一有效的方法。