肛瘺的治療，對于簡單、急性的肛瘺，可以通過局部用痔瘡栓、痔瘡膏，消炎、消腫促進愈合的藥物進行治療。另外，還需要調節作息時間，不要熬夜、抽煙、喝酒，因為以上因素都可以降低人免疫功能，影響愈合時間。對于保守治療無效的情況，可以采用藥物或者其它治療方法，比如可以用消炎藥物。還可以用生物蛋白膠從外口內注入，填塞竇道，使局部組織得到修復。 目前最常用的是手術治療，絕大部分肛瘺只有手術才能解決。手術根據肛瘺位置和復雜、單純性分類，選擇不同方法。一般單純性低位肛瘺，完全可以采用肛瘺切除術或者竇道切開術，慢慢讓其修復生長。對于高位復雜性肛瘺，一般都需要采用主灶切開，其它副病灶用掛線引流，或主灶直接也用掛線。掛線也是治療肛瘺的常用方法，主要也分引流性、慢性切開掛線，醫生會根據病情進行正確選擇。