兒童發生腦炎后，極少部分的兒童可能會留下頭疼的后遺癥。兒童發生腦炎后，在進行有效針對病原體的早期規范治療，以及適當降顱壓等綜合治療方案后，大部分的腦炎可達到臨床治愈，此時頭疼亦隨著病情恢復，而有效停止。對于遺留神經系統定位體征，或神經系統異常病灶永久性損傷的腦炎兒童，可能會引起神經性頭疼，出現不可逆的損傷，修復較困難時，頭疼會持續較長時間，甚至影響終身。兒童腦炎指各種病原體，通過血行途徑，鄰近臟器的浸潤，或顱腦外傷后的異常通道，進入中樞神經系統，在局部定植，引起的神經系統感染性損傷，主要臨床表現在急性期時，可表現為急慢性的腦功能紊亂、顱內高壓以及神經系統的定位體征，其中顱內高壓可引起劇烈的頭疼、噴射性嘔吐，是因為顱內高壓時，腦膜或腦組織受到高壓作用，刺激神經末梢引起頭疼，此類頭疼程度較重。同時在急性期時，因腦功能紊亂、神經功能的紊亂，可出現痛覺過敏的一些表現，即對疼痛反應較敏感。