巧克力囊腫并非必須手術，對于比較小、痛經并不嚴重、沒有生育要求的巧克力囊腫患者，可以進行保守治療，即用藥物控制，控制發展速度。若囊腫特別大，超過5cm，或因為巧克力囊腫患者長期不懷孕，也需要進行手術，還有痛經非常嚴重的病人，也要進行手術的干預。手術治療以后，70%以上的痛經都能夠達到緩解。 手術方式有多種，根據手術路徑不同，可以選擇用腹腔鏡微創方法剔除囊腫，切除所有子宮內膜異位癥的病灶。還有一種路徑是開腹方法，開腹不屬于微創，在不具備腹腔鏡手術或手術非常難度大時，可以選擇開腹手術方式進行治療。