通常并不是所有的巧克力囊腫患者均需進行手術，是否需要進行手術需根據囊腫情況、伴隨癥狀等方面進行判斷，具體情況如下：1、藥物治療：巧克囊腫可能引起痛經、不孕等問題，如果患者無明顯不適，僅為體檢時發現，且囊腫體積較小，此時無需著急進行手術，可以進行保守治療。巧克力囊腫的藥物治療包括口服避孕藥、口服高效孕激素，如地諾孕素等藥物，或使用曼月樂等宮內節育器，也可以治療巧克力囊腫，抑制體內雌激素的注射劑藥物也可以用于治療巧克力囊腫。祖國醫學的中醫、中藥，對巧克力囊腫也有一定治療作用；2、手術治療：如果巧克力囊腫體積較大，如超過4cm，或合并不孕、懷孕流產等情況，此時需要積極進行治療，可能需要進行手術治療。