膠囊內鏡排出的時間與個人大便習慣相關，多數情況下2-3天即可排出，但便秘患者排出時間較長。如膠囊2周后還沒有排出，即可定義為膠囊滯留，一旦膠囊內鏡沒有排出，還應根據癥狀決定有無危險。如果由于腸道本身狹窄，導致膠囊不能排出，可能導致急性腸梗阻，患者可出現腹脹、嘔吐，有時甚至停止排氣、排便，此時較嚴重需要及時到醫院就診，進行胃腸減壓、灌腸治療，部分患者甚至需要進行急診手術治療。但多數患者即使膠囊滯留，也不會引起急性腸梗阻，多數仍以觀察為主。如果2周以后，膠囊仍然沒有排出，應根據原因采取相應治療。如果膠囊滯留的位置容易取出，可以通過小腸鏡檢查取出膠囊。如果小腸鏡不能將膠囊取出，也可根據病變，如鏡下診斷克羅恩病，可給予激素治療，有助于膠囊取出。如果不能判斷疾病情況，并且小腸鏡取出失敗，可能需要手術介入將膠囊取出。