巧克力囊腫是一種卵巢型的子宮內膜異位囊腫，其發病原因在于子宮內膜異位至卵巢。異位的子宮內膜在卵巢內保持活性，并在周期性雌孕激素水平作用下發生周期性增殖與剝脫出血。與宮腔內的子宮內膜不同，異位在卵巢的子宮內膜形成的出血無法像月經那樣通過宮頸陰道排出體外，導致血液在卵巢內部積累形成囊腫。隨著時間的推移，這些囊腫內的水分被吸收，內部的陳舊性血液變得粘稠且顏色加深，形似巧克力液，因此得名巧克力囊腫。這種囊腫可能導致痛經、腹痛，而長期存在的巧克力囊腫有時可能自發性破裂，引發急腹癥。部分巧克力囊腫可能會有少量破裂，使內容物流出，進而影響周圍的輸卵管、卵巢、子宮后壁、大網膜、闊韌帶、盆腔腹膜和腸系膜。與這些組織形成密切的粘連。這樣的變化可能損害輸卵管的蠕動和傘端的拾卵功能，長期下來可能嚴重影響女性的生育能力。盡管巧克力囊腫是良性疾病，但是其復發風險、導致不孕的風險以及嚴重疼痛的風險都較高。因此，對于這種疾病，應予以充分重視并進行及時治療。治療后，患者應考慮盡早完成生育，并持續接受預防復發的治療與定期隨訪。