巧克力囊腫是盆腔子宮內膜異位癥異位到卵巢的形象稱謂。正常情況下子宮內膜受卵巢雌、孕激素影響會發生周期性脫落。同樣子宮內膜如果異位到卵巢以后，也會在雌、孕激素的作用下出現周期性脫落，長期血潴留會形成囊腫，陳舊性血樣類似巧克力，因此稱為巧克力囊腫。因為它是反復出血形成纖維化，所以巧克力囊腫一般和周圍組織形成致密粘連。大部分巧囊會伴隨盆腔其它部分子宮內膜異位，所以出現繼發性進行性痛經。時間長以后全周期都可出現下腹疼痛，且于月經期加重。 因為屬于明顯激素依賴性腫瘤，自然絕經后會自愈。此類女性可以通過人為使用藥物停止排卵，例如口服避孕藥或宮腔放置曼月樂環持續向宮腔釋放孕激素，異位的內膜可以恢復。注射GnRH，在司令部區域可以抑制排卵。如果腫瘤過大，則需要進行手術，手術以后再輔助進行其它治療。