診斷胃腸道間質瘤需要做一些檢查項目，包括病理學檢查、基因檢測，當然還需要其他一些常規檢查，具體如下：一、病理學檢查：最主要是要確診胃腸道間質瘤，活檢是取得病理檢查組織的最可靠的方法，病理學檢查的診斷可以準確描述腫瘤的狀態，主要是評估核分裂象的狀態，對于完整的治療策略來講是一個依據；二、基因檢測：基因檢測的結果對于胃腸道間質瘤來講非常重要。對于醫生和患者來講，選擇一個恰當的治療可起到決定性作用；三、常規檢查：包括體格檢查、內鏡檢查、影像學檢查，這些檢查都是對于胃腸道間質瘤整體治療過程中的影響因素。1、體格檢查：包括常規的查體、有無貧血、皮膚白不白、有無壓痛，包括有無便血的情況；2、內鏡檢查；是非常重要的，包括胃鏡、腸鏡、超聲內鏡，主要的作用是判斷腫瘤的位置、起源，甚至和周圍臟器的關系，還包括可以取到活檢標本，為病理和基因診斷提供依據；3、影像學檢查：包括CT、B超，甚至增強CT，還有核磁，這些檢查的目標主要是來判斷腫瘤到底發生在哪個部位、哪個器官、腫瘤的大小，還有生長方式，以及和周圍器官的關系，包括和血管的關系、有無遠處轉移，都在胃腸道間質瘤的整體治療上起到至關重要的作用。當然如果懷疑肝臟上有問題，或者直腸有可能會有間質瘤，那么這時可能要進行核磁檢測，更加有助于后續治療的評估。