腎盂腎炎最常見的致病菌，就是大腸埃希菌，又稱為大腸桿菌。因為尿路感染最常見的細菌就是大腸埃希菌，大腸埃希菌有些有剛毛，剛毛就可以幫助它附著在輸尿管上，然后逐漸侵入腎盂，細菌數量多的時候，細菌繁殖就可以導致腎盂腎炎的發生。大腸埃希菌沿著尿流逆行上去，還有局部蔓延，腎周的炎癥向腎臟蔓延，這個時候病人就會出現腎盂腎炎。同時大腸埃希菌可以經過血行播散到達腎盂，導致腎盂腎炎。還可以通過淋巴道到達腎盂，出現腎盂腎炎。常見的細菌除了大腸埃希菌以外，另外肺炎克雷伯菌、變形桿菌、銅綠假單胞菌也可以導致腎盂腎炎，都是常見的腎盂腎炎細菌。但是后面幾個往往見于院內感染，而大腸埃希菌，院內感染和社區感染都有可能。