腎盂腎炎最常見的致病菌不是鏈球菌，而是大腸埃希菌。腎盂腎炎的感染途徑包括上行感染、血行感染、淋巴道感染、局部蔓延，常見的細菌包括大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌、金黃色葡萄球菌和變形桿菌。最常見的感染途徑是上行感染，通常見于膀胱炎，細菌沿著尿路到達腎盂，當腎盂的細菌數量到一定程度時，則可以導致腎盂腎炎。大腸埃希菌帶有菌毛，所以它可以附著在輸尿管上，然后到達腎盂。當病人出現免疫力低下或者有創操作、尿路梗阻時，細菌則會到達腎盂，導致腎盂腎炎。臨床治療時需要進行經驗性抗感染治療，如果效果較差，還要根據病人的尿培養結果，進行相應的治療。