扁桃體是咽部淋巴組織的一部分，通常講的扁桃體是腭扁桃體，還有其它扁桃體，包括咽扁桃體、舌扁桃體，以及咽鼓管扁桃體，加上咽側索和咽后壁淋巴濾泡，它們之間相互交通，構成咽部淋巴環的外環。通常講的扁桃體只是淋巴環路上的一部分，在免疫系統建立的早期，扁桃體可以攝取和呈遞抗原，對于建立免疫系統意義重大。但當免疫系統完全建立時，扁桃體作為外周免疫器官，也存在著一定免疫功能，但當扁桃體過于肥大或反復發炎，成為病灶時，應盡早切除，以免引起更嚴重的并發癥。扁桃體只是整個免疫系統里，咽淋巴環中很小的一部分，所以切除它并不會對整個免疫系統造成很大的影響。