不明原因發燒的原因有很多，所以需要做的檢查也比較多，這些檢查一方面針對各種各樣感染的病原體，如檢測病毒的指標、細菌感染的指標、真菌的指標、寄生蟲的指標等。另外一方面要針對感染的部位進行排查、篩查，比如胸片、腹部B超、胸部CT、腹部CT、關節超聲、關節的CT或者核磁等影像學檢查，有的時候甚至會用更為全面的檢查，比如PET-CT。針對非感染性疾病也要做一些檢查，如免疫紊亂，要進行免疫指標的篩查，腫瘤要進行腫瘤相關的篩查，因為這些疾病都可以導致不明原因的發燒。