如果患者確實需要做肺核磁共振，往往使用對比劑增強的方法來評估肺部病變治療療效，如肺癌化療，但患者確實又對CT碘劑過敏，所以只能使用核磁共振的釓劑進行肺部磁共振成像，但肺部磁共振成像效果要比CT差很多。 肺部疾病的檢查首選的是肺部CT，不管是肺炎、肺腫瘤、肺血管畸形、肺先天發育畸形都首選CT檢查。但是極少數患者因為不能耐受CT對比劑，可能對CT的碘對比劑過敏，但又需要影像學方法來評估治療效果時，可以選擇肺部磁共振成像，因為磁共振對比劑發生過敏的概率要比CT的對比劑碘劑過敏的概率要低很多。 在選擇的方法上，并不是檢查項目越貴，檢查效果越好。肺部磁共振成像只能作為CT成像補充，在極端特殊情況下，可以使用肺部磁共振檢查來評價患者治療療效，病變是否侵及縱膈、心臟、胸壁。該情況下主要利用磁共振來評估療效，但在診斷上確實是很少使用肺部磁共振進行檢查。