慢性腹瀉的預后，與患者的體質、腹瀉病因、治療等因素有關，常見如下：1、體質：若患者年老體弱或基礎疾病較多，合并腹瀉的情況下可出現較多并發癥，導致預后不佳；2、藥物反應：部分致病菌對藥物反應效果差，此時患者的預后較差；3、治療：治療不當、治療不及時或治療效果較差時，會導致患者的預后較差；4、二重感染：部分患者治療后可能會引起二重感染，出現明顯的腸道菌群失調。此時患者的腹瀉癥狀不僅無法緩解，反而會加重，甚至危及生命。