小孩陰莖短小的原因要看小孩的陰莖短小是真的小，還是假的小。具體如下：1、真的小：就是用手觸摸小孩的陰莖體時，會發現陰莖體非常短小、纖細、發育不良，小孩的陰莖可能是一種小陰莖的情況。如果小孩出現小陰莖，可能還需要求助于小兒內分泌科的醫生來進行診斷處理，可能需要查性激素、頭顱或垂體的磁共振來排除垂體發育不良以及性激素分泌不足的情況；2、假的小：就是小孩陰莖體發育正常，大部分埋藏于皮下，此種情況是一種隱匿陰莖，用手觸摸小孩的陰莖體可以發現陰莖體大小正常，但是大部分埋藏于皮下，用手推擠包皮會發現包皮呈螺絲樣，或寶塔樣堆積于陰莖前端，用手推擠后，可以在包皮下方觸摸到正常的陰莖體。做此種手術，小孩的年齡要放到3-6歲，3歲以后到青春期前，小孩陰莖體基本上發育定型，到青春期以后繼續發育。到6歲以后小孩要過群體生活，如果陰莖短小，會給小孩的生理以及心理造成影響。所以在此之前要進行手術校正，避免對小孩的心理以及生理造成傷害。