陰莖短小有以下原因：1、內分泌障礙：陰莖短小可能是先天性疾病或者先天性畸形，與內分泌系統、激素產生的原因有關，內分泌系統出現問題，比如垂體、腎上腺分泌激素障礙，不能刺激陰莖或者睪丸，導致陰莖發育不良；2、睪丸應答障礙：垂體或者腎上腺分泌的激素正常，睪丸無法響應，雄激素分泌障礙，導致陰莖發育出現問題；3、病因不明：各個內分泌器官分泌激素水平正常，睪丸本身應答正常，這種情況屬于原因不明的陰莖短小。