寶寶陰莖短小的原因包括： 1、生理因素：有些男孩在出生的時候比較胖，且在幼兒成長期由于營養過剩，導致腹部脂肪堆積，出現陰莖外觀不良，看似有陰莖發育短小的問題。這種情況可以通過控制體重、適當加強鍛煉進行改善，繼而能使陰莖的發育自然得符合年齡預期； 2、病理因素：性腺功能減退導致真性的陰莖發育短小，一般見于某些有遺傳或者內分泌異常的兒童，如染色體病的遺傳、內分泌的失調，可導致機體激素失衡，使外生殖器發育過程中出現紊亂或者障礙。有這類問題的兒童，在幼兒期他們的陰莖發育和同齡期孩子相比，可出現過小或者過短的情況，故家長一定要帶患兒到正規的專科醫院或者兒童醫院做相關檢查，辨別是由于后天營養導致得陰莖發育問題，還是由先天因素導致的陰莖短小。