因為肛瘺主要是發生在肛門周圍，一般可以做肛瘺的切開或者是肛瘺的切除，對于高位的或復雜肛瘺，有可能還會做掛線手術。因為肛門周圍的感覺神經比較豐富，而且比較敏感，所以做肛瘺的手術有一定的痛苦。這個痛苦主要的表現，一個是手術切口的疼痛。另外一個就是肛瘺本身會侵犯到肌肉，在做完手術麻醉恢復以后，肛周的肌肉會收縮，也會引起劇烈疼痛。還有一點，就是對于高位的復雜肛瘺，有時會采用橡皮筋掛線。這個掛線是采用橡皮筋，從肌肉當中慢慢地勒開，從而保護肛門外括約肌的功能，不至于引起大便失禁。這些橡皮筋慢慢從肌肉和軟組織勒開的過程當中，疼痛非常劇烈，有時需要用止痛藥或者打強效的止痛針，才能減輕患者的痛苦。但是也不要害怕，現在也有很多止痛的方法，包括止痛藥、止痛泵，還有中醫的穴位的貼敷或壓迫，也可以得到很好的止痛效果。