患者準備做肛瘺手術時，通常建議準備2周以上休息時間，可能術后3-4天不觸碰傷口也疼，數天后可能觸碰有疼痛，不觸碰則不疼，一般愈合后疼痛感消失。較多肛瘺手術，如高位肛瘺或復雜肛瘺需要掛線，包括較松掛線或較緊掛線，對于較緊掛線，當解線時也會較疼。肛瘺分為單純肛瘺、復雜肛瘺以及低位肛瘺、高位肛瘺，根據不同肛瘺則疼痛時間有所不同，如低位單純肛瘺，可能術后2周左右愈合。高位復雜肛瘺可能需做多次手術，通常需要3-4周，甚至2個月以上愈合。通常術后3-5天較疼，后期新發肉芽組織生長，則疼痛感逐漸好轉。