由于腸鏡檢查擾動腸道的環境和菌群，通常不建議進食過熱、過燙、過硬的食物，以及油炸、油膩等辛辣刺激性的食物，如燙粥、堅果類的食物。上述食物進食后會刺激腸道，加快蠕動，若有取活檢或者切除大的息肉患者，使切創面反復牽拉，容易再次出血和延遲創口。另外，煙和酒對胃腸道黏膜也有刺激，通常不建議攝入。主要是建議進食易消化的食物，而如奶制品、豆制品、胡蘿卜、芹菜等容易產氣的食物，通常不建議腸鏡后攝食過多，需要少量進食或者在進食主食后再進食這類食物。